Средний храм является древнейшим из сохранившихся аланских храмов, его закладка датируется первой половиной Х века. Относится к крестово-купольному типу сакральных зданий.
Построен из больших песчаниковых блоков скрепленных известняковым раствором.

Вероятно, Средний храм проектировался как погребально-поминальный для аланских правителей и церковных иерархов, но со временем эта функция перешла к Северному храму.
Церковь была построена, вероятно, византийскими мастерами из Каппадокии и немного лозднее расписана фресками.