Название острова таит в себе загадку, лис на острове не водилось. Скорее всего, это созвучное название острова местных народностей. Первое название острова — остров Облызина, предполагается, по фамилии члена экипажа корвета «Америка», открывшего залив 18 июня 1859 года.

В 1935 году на острове построили предприятие — английскую концессию по выращиванию мальков осетровых рыб и переработкой морской капусты ламинарии в йод и спирт.

С 1937 года и до сентября 1945 года на острове Лисьем находился женский лагерь политических заключенных, где осуждённые занимались обработкой, засолкой и отправкой рыбы (официально — «Филиал рыбозавода „Тафуин“»). С 1947 года на острове работали вольнонаёмные рабочие. У вольнонаёмных был небольшой посёлок, в северной части острова располагалась зона с бараками для жилья и детскими яслями.

После 1950-х годов остров Лисий стал заповедным и от посещения его охранял пограничный отряд. Несмотря на близость к городу, до 1990-х годов остров посещали единицы. В 1990-х годах на острове были обнаружены груды металла и остатки строений. До сих пор в городе существует популярная версия, что остров в течение сорока лет не был необитаем, а на нём находятся подземные военные бункеры. Пока эта версия лишена оснований, но расположение военной части для защиты бухты весьма выгодно. Даже несмотря на относительную открытость с 1990-х, остров посещает немного людей. В 1994 году постановлением главы администрации Находки остров Лисий объявлен памятником природы.